眼科于1991年从大五官科中分出，现有主任医师1人，主治医师1人，住院医师1人。近年来眼科发展迅速，引进一批先进设备如进口非接触眼压计、手术显微镜、全自动视野计、视觉电生理、A超、角膜曲率计、前房角镜、90D前置镜及各种验光设备等。
早在1987前建院初期我院眼科即在苍南县最早开展白内障、青光眼手术，并以此为龙头推动眼科其它专业的发展。1997年在全县率先开展白内障人工晶体植入，取得良好的经济效益和社会效益。2000年又开展前房角膜检查和复合式小梁切除术。为保证技术的先进性，眼科医生曾多次到全国最著名的眼科中心进修。目前在青光眼的诊断与治疗方面在温州市处先进水平。
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